1961년 5.16 이후에 수립된 제3공화국은 우리나라의 근대화를 적극적으로 추진해나가기 시작한 시기로서 경제발전을 중심으로 하여 국가사회 전반에 많은 변화가 있었다. 이 시기에 공무원 교육훈련 분야는 그 규모 체제, 내용 면에서 과거 국립공무원훈련원 시절과 확연하게 구별되는 괄목할 만한 쇄신과 발전을 이루어 나갔다.
「중앙공무원교육원설치법」(법률 제747호)과 「중앙공무원교육원직제」(각령 제855호)가 공포되었고 이에 따라 ‘국립공무원훈련원’ 시대는 막을 내리고 그 지위와 기능이 대폭 강화된 ‘중앙공무원교육원’의 시대가 열리게 되었다.
1960년대는 남북 체제대립이 극심해져 반공사상 등이 강조되었으며 경제교육도 강화되었다. 1962년부터 경제개발 5개년 계획이 추진됨으로써 성장속도에 맞춰 행정관리 교육도 늘어나기 시작했다.